Il fut entraîné par les deux premiers Hokage (Hashirama Senju et Tobirama Senju) et était un talentueux élève qui apprit de nombreuses techniques à son jeune âge. Il entraîna Jiraya, Orochimaru et Tsunade, les futurs Sannin. Hiruzen aurait voulu que son élève le plus talentueux, Orochimaru devînt son successeur en tant que kage du village caché de la feuille, mais se méfiant de l'ambition qu'il lisait dans ses yeux, il lui préféra Minato Namikaze. Il découvrit quelques années après qu'Orochimaru faisait des recherches interdites en utilisant des ninjas enlevés dans le village comme sujets de tests. Il ne put cependant se résoudre à tuer son ancien élève qu'il laissa s'enfuir du village. Après le sacrifice du 4e Hokage face au démon Kyûbi, il reprit ses fonctions de chef, malgré son âge. Lors de l'examen de chūnin, Orochimaru, se faisant passer pour le Kazekage, après l'avoir préalablement assassiné, élabora un plan avec les ninjas de Suna pour détruire Konoha. Hiruzen, découvre alors que son ancien élève est venu le tuer, et le combat pour protéger son village et les habitants. Après une série de techniques de haut niveau, et très impressionnantes, Sarutobi montra qu'il était un vrai Hokage et réussit malgré son âge à se défaire de ses deux anciens maîtres, le 1er et le 2nd Hokage ramenés à la vie par une technique d'invocation d'Orochimaru. Il finira par se sacrifier en invoquant le « Dieu de la Mort » qui, pour prendre l'âme d'un adversaire, réclame aussi celle de son invocateur. Mais, il n'eut pas assez de force pour retirer entièrement l'âme d'Orochimaru, se contentant de lui arracher ses deux bras, le privant ainsi de la possibilité d'effectuer des mudras (signes de main obligatoires pour effectuer des techniques de ninjutsu). Le troisième hokage mourut, un sourire aux lèvres, alors qu'il avait sauvé son village, et tenté de corriger ses fautes du passé, notamment de n'avoir pas arrêté son élève alors qu'il en était encore temps. Il restera dans les mémoires de ses sujets comme un chef aimé et aimant, surtout pour les quelques orphelins des guerres précédentes (Iruka, Naruto…) pour qui il représentait toute leur famille.
On apprendra plus tard que Sarutobi fut le seul à s'opposer à Danzô et les deux conseillers du village quant à la décision de traiter les Uchiwa comme des ennemis à abattre, mais ce fut en vain. Itachi finira donc, sous les ordres de ces anciens, par exterminer le Clan Uchiwa, son propre clan, mais en ne laissant que Sasuke pour survivant avec la promesse faite du 3e Hokage qu'il le protégerait de Danzō et des conseillers. Lors de la mort d'Hiruzen, Itachi réapparait à Konoha pour faire signe à Danzô qu'il est encore en vie, et qu'il ne doit donc rien tenter envers Sasuke, s'il ne veux pas risquer de représailles.
